La TVA est perçue selon le système de l’auto-taxation, l’assujetti est donc responsable d’établir ses décomptes TVA et de tenir compte de toutes les spécificités et autres cas particuliers que contient cet impôt. La TVA représente environ un tiers des finances fédérales. Selon l’art. 78 LTVA, l’Administration fédérale des contributions (AFC) peut effectuer des contrôles auprès des assujettis. Ces contrôles permettent l’égalité de traitement des personnes soumises à la TVA au sens du droit et servent aussi à informer les entrepreneurs des applications correctes des dispositions fiscales. L’AFC effectue chaque année plus de 9’000 contrôles TVA. 

Toutes les entreprises assujetties à la TVA peuvent être ciblées par un contrôle.

Le contrôle doit être annoncé par écrit. L’AFC peut exceptionnellement s’abstenir de l’annoncer si les circonstances le justifient. L’assujetti peut requérir un contrôle sur présentation d’une demande motivée. Ce contrôle doit être effectué dans les deux ans qui suivent le dépôt de sa demande.

A réception de la confirmation écrite, le délai de 360 jours commence à courir pour clore le contrôle par une notification d’estimation, qui précise le montant de la créance fiscale pour la période contrôlée. La prescription du droit de taxation est aussi suspendue à l’annonce du contrôle. Le délai de prescription est ainsi prolongé de deux ans.

La date du contrôle 

Le contrôle TVA ne peut être refusé, mais il est possible d’en discuter la date en fonction de circonstances particulières comme le changement récent du comptable, la mise en place d’un nouveau logiciel comptable ou encore si le contrôle a lieu en pleine clôture des comptes.

Le lieu 

Le choix du lieu du contrôle est libre. Le contrôle peut être effectué soit sur place dans l’entreprise, soit au bureau de la fiduciaire. Régulièrement, nous accueillons le contrôleur en nos bureaux. Les collaborateurs travaillant en fiduciaire ont également l’habitude d’accompagner l’inspecteur durant le contrôle.

La période

Selon l’art. 42 LTVA, le droit de taxation se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale pendant laquelle la créance est née. Par conséquent, la période du contrôle est généralement sur les 5 dernières années (années civiles).

Les documents à fournir

Les documents suivants sont généralement demandés par l’inspecteur TVA :

  • Bilan et comptes de résultat détaillés
  • Rapports de l’organe de révision si disponible
  • Extraits des comptabilités (principales et auxiliaires) avec les codes TVA
  • Décomptes TVA et leur documentation (journaux)
  • Concordance des chiffres d’affaires par années
  • Concordance de l’impôt préalable par année
  • Déclaration fiscale des impôts directs
  • Factures débiteurs et créanciers
  • Justificatifs d’importation et d’exportation
  • Calcul des parts privées
  •  Autres justificatifs comptables (livre de caisse, inventaire, etc.)
  • Contrats (par exemple : contrat de leasing)

Tous ces documents permettent de suivre les opérations commerciales à partir du décompte TVA jusqu’à la pièce justificative et inversement.

L’assujetti doit renseigner en conscience l’AFC sur les faits qui peuvent influencer de manière déterminante la constatation de l’assujettissement ou le calcul de l’impôt et lui remettre tous les documents nécessaires.

Le secret professionnel

La protection du secret professionnel prévue par la loi est réservée. Les détenteurs du secret professionnel tels que les avocats et les notaires ont l’obligation de présenter tous les documents pertinents au contrôle TVA. Ils peuvent masquer les noms et adresses des clients ou les remplacer par des codes, mais le nom de la localité doit être lisible. Le secret professionnel (art. 68, al. 2 ,LTVA) se limite aux informations auxquelles les avocats et notaires ont accès dans le cadre des prestations typiques de la profession. Il s’agit en particulier des faits que leurs clients leur confient et qui leur permettent d’exécute leur mandat ou dont ils ont connaissance dans le cadre de l’exécution du mandat. La gestion de patrimoine qui n’est pas liée à une liquidation ou à un partage successoral, par exemple, n’est pas considérée comme une prestation spécifique. Dans tous les cas, il convient néanmoins de vérifier dans quelle mesure le secret professionnel entre en ligne de compte. En cas de doute, le président de la cour compétente du Tribunal administratif fédéral, sur demande de l’AFC ou de l’assujetti, désigne des experts neutres comme organe de contrôle.

Le contrôle 

Au début du contrôle, l’inspecteur TVA souhaitera un entretien afin d’avoir une vue d’ensemble de l’entreprise et de ses activités commerciales.

Puis, le contrôleur vérifiera les décomptes TVA afin de savoir s’ils sont exhaustifs et exacts. Il va notamment contrôler les sujets ci-dessous afin que ces derniers soient bien déclarés :

  • les chiffres d’affaires provenant des livraisons et prestations de services
  • la déduction de l’impôt préalable
  • les corrections et les calculs pour la réduction de la déduction de l’impôt préalable
  • l’impôt sur les acquisitions
  • les prestations à soi-même et les parts privées
  • les dépenses effectuées qui n’entrent pas dans le cadre de l’activité entrepreneuriale
  • tout autre élément affectant les décomptes TVA

Le vérificateur ne contrôlera pas chaque facture ou quittance, il va effectuer son contrôle par sondage, par extrapolation en fonction de la taille de l’entreprise et de la composition du chiffre d’affaires.

Le résultat

A la fin du contrôle, l’inspecteur TVA commentera ses constatations et le résultat du contrôle avec la personne responsable. Il est recommandé de discuter avec l’inspecteur des sujets contestés soit par oral lors de l’entretien final, soit par écrit après avoir consulté un spécialiste TVA avant la notification définitive. Il est souvent plus facile de négocier en amont avec l’AFC avant d’entamer une procédure de recours.

Puis, l’assujetti recevra une notification d’estimation selon l’article 78 al. 5 LTVA. Cette notification fixe la créance fiscale pour les périodes contrôlées. Une procédure de recours est possible en cas de désaccords. La réclamation doit être transmise à l’AFC par écrit dans un délai de 30 jours à compter de la notification.

Comptabilité non probante

Dans le cas où le contrôleur considère la comptabilité non probante ou qu’il estime que le chiffre d’affaires n’est pas en adéquation avec les charges directes, la méthode dite “d’estimation” sera utilisée. Cela consiste à estimer la marge sur une base statistique propre à la TVA. Le chiffre d’affaires soumis sera ajusté en fonction de cette tabelle. Il est possible de contester les reprises, cependant, l’assujetti doit prouver que la marge est plus faible ou que la correction n’est pas justifiée; cela implique l’existence d’arguments documentés et d’une comptabilité irréprochable. Il faut préciser que les reprises fiscale cantonal qui ajustera également les impôts sur les revenus du contribuable.

La loi sur la TVA est un sujet vaste et très complexe, nous veillons donc à son application. Lors de l’établissement de votre comptabilité, nous vous faisons part des spécificités qui vous concernent.

Nous sommes à votre disposition pour toutes questions relatives à la TVA et pour vous accompagner lors d’un contrôle TVA.